Das Schloss Birkeneck ist vom Fürstbischof von Freising, Johann Franz Ecker, Freiherr von Kapfing und Lichteneck erbaut worden, dessen Wappen  heute den Giebel des Gebäudes ziert. Die damalige Schosskapelle (heute Nebenraum des kleinen Festsaals) wurde 1707 eingeweiht, was auf die Bauzeit schließen lässt. Das Schloss diente dem Fürstbischof als Jagdschloss.

1803 wurde das Schloss säkularisiert, versteigert und gelangte in private Hände. Zwischen 1803 und 1925 wechselte oftmals der Besitzer des Schlosses. 1825 erwarb es Freiherr Theodor von Hallberg-Broich, der es bis 1839 als Eigentum besaß.

Die Herz-Jesu-Missionare übernahmen das Schloss 1925 vom Dienstbotenheimverein, der es als Art Altersheim verwendet hatte.